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动植物de novo测序介绍

发布时间:2016-11-18浏览:362次 来源: 网络转载 我要转载

概述

从头测序即de novo 测序,不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序,用生物信息学分析方法进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术,可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列,从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成,意味着这个物种学科和产业的新开端!这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后,可以构建该物种的基因组数据库,为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台;为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。健海生物利用新一代高通量测序技术,可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。

技术优势

高通量测序:效率高,成本低;

高深度测序:准确率高;

全球领先的基因组组装软件:SOAPdenovo软件;

经验丰富:已经成功完成几百个物种的全基因组从头测序。

研究内容

一、基因组survey

1. K-mer分析以及基因组大小估计;

2.基因组杂合模拟(出现杂合时使用);

3.初步组装;

4.GC-Depth分布分析。

二、基因组组装

1.测序结果深度组装;

2.GC 含量分布分析;

3.测序深度分析;

4.常染色体区域覆盖度评估(需要客户提供 BAC 或者 Fosmid 序列);

5.基因区覆盖度评估(需要客户提供 EST 或者转录组序列)。

三、基因组注释

1.Repeat注释;

2.基因预测;

3.基因功能注释;

4.ncRNA注释。

四、动植物进化分析

1.基因家族鉴定(动物TreeFam、植物OrthoMCL);

2.物种系统发育树构建;

3.物种分歧时间估算(需要标定时间信息);

4.基因组共线性分析;

5.全基因组复制分析(动物WGAC、植物WGD)


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