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数字基因表达谱升级版

发布时间:2016-11-18浏览:349次 来源: 网络转载 我要转载

概述

基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱升级版(RNA-Seq)是用来研究某一生物对象在特定生物过程中基因表达差异的技术。该技术结合了转录组测序建库的实验方法与数字基因表达谱(Digital Gene Expression Tag Profiling, DGE)的信息分析手段,可广泛应用于生理调控、农业性状、生物标记、环境改造、疾病机制和药物筛选等领域。

技术优势

数字化信号:测序直接获得序列,无背景噪音,无交叉杂交;可鉴别序列间单个碱基的差异;

高通量:一次测序得到千万条以上的序列;

检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;

良好的重复性:深度测序保证了抽样随机性,重复性非常好,无需重复实验;

定量更准确:使用RPKM方法计算基因表达水平。

高灵活性 :依据客户需求,提供不同测序平台服务。

质控评估

针对RNA样本,采用电泳、NanoDrop、Agilent Bioanalyzer等方法进行样品检测。样本必须符合数字基因表达谱升级版建库要求。构建完成的文库,采用Agilent 2100检测浓度和片段长度,并用QPCR检测文库分子浓度。文库片段大小,浓度必须符合上机标准。

研究内容

一、标准信息分析

1)测序评估(包括:数据比对统计、测序质量评估、测序饱和度分析、测序随机性分析、Reads在参考基因/基因组上的分布);

2)基因表达注释(包括:基因覆盖度统计、结果文件列表、结果文件示例);

3)条件特异表达分析(Proton平台),包括:条件特异表达基因统计图、样品特异基因结果);

4)主成分(PCA)分析(Proton平台);

5)差异表达基因筛选(包括:差异基因统计图、差异基因表达图、所有基因表达差异结果、差异表达基因筛选结果);

6)基因表达模式聚类分析;

7)Gene Ontology功能显著性富集分析;

8)Gene Ontology功能分类;

9)KEGG Pathway显著性富集分析;

10)蛋白互作网络分析。

二、定制化信息分析

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

平台推荐

Hiseq测序平台是研究表达谱强有力的工具,其具有高特异性和准确性,可很好满足客户的要求。

Proton测序平台是最新一代的测序技术,产品执行周期短,平均读长长,适合对项目执行周期要求高,或者对Proton测序平台感知度高的客户。


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